خواب یکی از مهم ترین عملکردهای مغز است که توسط اختلال اوتیسم تحت تاثیر قرار می گیرد .با توجه به نقش مهم خواب در عملکرد هایی همچنین یادگیری، تنظیم رفتار و حافظه ،اختلالات خواب در این کودکان ممکن است برای آنان مشکلات عملکردی ایجاد کند .۵۰ تا ۸۰ درصد کودکان اوتیستیک دچار اختلالات خواب هستند .این مشکل با سطح هوش کودک و نوع اختلال اوتیسم کودک ارتباط ندارد. انواع مشکلات خواب عبارت است از مشکل در رفتن به رختخواب ،مشکل در به خواب رفتن، کاهش دوره خواب ،خواب منقطع ،و از همه مهمتر به هم ریختن ریتم شبانه روزی است .مشکلات خواب ممکن است در دوران کودکی خود را نشان بدهند و در دوران بزرگسالی هم وجود داشته باشند. رفع نمودن مشکلات خواب یکی از مهم‌ترین مداخلاتی است که برای کودکان اوتیستیک به صورت معمول باید انجام گردد .از سوی دیگر داروهایی که کودک برای حل مشکلات همبود مثل اختلال نقص توجه/ بیش فعالی و اضطراب مصرف می کندمی تواند منجر به مشکلات خواب شود .همچنین تشخیص اختلالات پزشکی دیگری که می تواند بر خواب کودک تاثیر بگذارد مهم است از جمله این این اختلالات می توان به اختلالات گوارشی ،صرع ،درد ، اختلالات تنفسی هنگام خواب، اختلالات تغذیه ای و سندروم پاهای بیقرار اشاره کرد .در مواردی که ممکن است اختلالات تنفسی و آپنه در هنگام خواب منجر به تخریب الگوی خواب کودک شده باشد ،در ارزیابی های فیزیکی علامت هایی مثل شلی عضلات صورت و زبان بزرگ دیده می شود همچنین قطع زنجیره خواب در شب و بیدار شدن کودک، از دست دادن کنترل ادرار در شب ،یا تکان خوردن اندامها می تواند نشانهای از وجود تشنج شبانه یا یک پسرفت رشدی جدید باشد .
سوالاتی که برای مشخص نمودن اختلالات خواب مطرح می شود متمرکز بر تاخیر در شروع خواب، محله خوابیدن کیفیت کلی خواب کیفیت کلی خواب و تعداد دفعات بیدار شدن در طول شب است. برای بسیاری از این افراد، بهترین راه حل استفاده از تکنیک های رفتاری و تشویق برای تطابق آنهاست .البته منابع محدودی است از تکنیکهای رفتاری برای بهبود عادت های خواب در مورد کودکان اتیسم را موثر دانسته اند.

(تجویزدارو برای مشکلات خواب درافراد اتیسم)
اتیسم اختلالیست که به صورت معمول همراه با مشکلات خواب است در گروهی از افراد اوتیستیک اختلالات صرع شبانه ممکن است عامل اختلال در خواب باشند. در برخی کودکان مشکل در به خواب رفتن وجود دارد که ممکن است به علت مشکلات رفتاری ، اضطراب یا خلق بالا در کودک باشد .همچنین مشکلاتی در زمینه قطع خواب وجود دارد که در این اختلالات فرد بعد از ۳ تا ۴ ساعت خواب بیدار می شود و این در حالتیست که او برای خوابیدن مقاومتی ندارد .همچنین ممکن است ترکیبی از مشکلات بالا نیز دیده شود .مشکل در به خواب رفتن در بسیاری از کودکان مبتلا به اختلالات رشدی وجود دارد .برخی از کودکان مضطرب نیز به دلیل اضطراب از رفتن به رختخواب امتناع می کنند. علاوه بر دارو استراتژی های رفتاری خاص مثل کمک کردن میزان فعالیت کودک به صورت تدریجی و قبل از فرا رسیدن زمان خواب به همراه حذف کردمحرک‌هایی همچون موسیقی و تلویزیون در زمانهای نزدیک به زمان خواب مد نظر قرار بگیرد. شواهد اندکی درباره تاثیر دارو درمانی برای مشکلات خواب در کودکان مبتلا اوتیسم وجود دارد و این شواهد نیزمتمرکز بر داروی ملاتونین است.ملاتونین نوعی مکمل است که می تواند به مشکل وقفه در خواب کمک کند . این دارو معمولاً به خوبی توسط کودک تحمل می شودو خواب را در کودک اوتیستیک بهبود بخشیده و استرس خانواده را کم می کند داروهای دیگری با نامهای ترازودون ومیرتازاپین وجود دارند که می‌توانند تجویز شود که البته عوارض جانبی همچون کاهش تحمل نسبت به تشنج و تاثیر معکوس در دوزهای بالا را به همراه دارد .داروهای دیگری مثل زانافلکس (تیزانیدین )که به ریلکس شدن عضلات کمک می کنند نیز می توانند کمک باشند. داروهایی مثل کاتاپرس(کلونیدین)وتنکس(گوانفزین)از جمله دارو های قدیمی هستندکه جهت رفع مشکلات خواب تجویز می شوند. برخی کودکانی که ساعات خواب کم دارند در میانه خواب بیدار می‌شوند دارای نوار مغز غیر طبیعی هستند که در این صورت درمان مشکلات خواب آنها باداروهای ضد تشنج آغاز می شود. همچنین داروهایی همچون لاموتریژن وگاباپنتین می تواندکمک کننده باشد.اگرنوارمغزکودک.طبیعی باشد،داروهایی همچون نورونتین (گاباپنتین )،الاویل ( آمی تریپتیلین ) ودزیرل (ترازودون)می تواندکمک کننده باشد.